En tant qu'auto-entrepreneur, vos obligations comptables sont allégées — mais elles existent bel et bien. Vous devez tenir un livre des recettes, émettre des factures conformes à la loi anti-fraude TVA, et déclarer votre chiffre d'affaires à l'URSSAF chaque mois ou trimestre.
Un bon logiciel de comptabilité pour micro-entreprise doit rendre tout ça aussi simple que possible, idéalement gratuitement.
Notre top 6 pour auto-entrepreneurs
| Logiciel | Prix/mois | Cible | Facturation | Compta | FEC | Note | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Gratuit | auto-entrepreneur, TPE | ✓ | 8 | ✓ FEC | 9.0 | Essayer Indy | |
#2Freebe | 9€ | auto-entrepreneur | ✓ | 6.5 | ✗ | 8.0 | Essayer Freebe |
#3Abby | Gratuit | auto-entrepreneur | ✓ | 6 | ✗ | 7.8 | Essayer Abby |
#4Tiime | Gratuit | auto-entrepreneur, TPE | ✓ | 7.5 | ✓ FEC | 8.4 | Essayer Tiime |
#5Henrri | Gratuit | auto-entrepreneur, TPE | ✓ | 6.5 | ✗ | 7.6 | Voir Henrri (gratuit) |
| 13€ | auto-entrepreneur, TPE | ✓ | 7.5 | ✗ | 7.8 | Essayer FreshBooks |
Pourquoi les logiciels généralistes ne conviennent pas
Les grandes solutions comme Sage ou Cegid sont pensées pour des PME avec un service comptable dédié. Trop complexes, trop chers, et surtout inadaptés aux spécificités de la micro-entreprise :
- Pas de gestion des déclarations CA URSSAF
- Pas d'export du livre des recettes simplifié
- Tarif sans rapport avec les besoins réels
- Liasse fiscale inutile (les auto-entrepreneurs n'en ont pas besoin)
Analyse détaillée
1. Indy — Notre recommandation principale
Indy
Meilleur auto-ent.auto-entrepreneur · TPE
À partir de
Gratuit
Cible
auto-entrepreneur
Essai gratuit
Oui
Indy est notre choix numéro 1 pour les auto-entrepreneurs et indépendants. Sa version gratuite est parmi les plus généreuses du marché et ses déclarations URSSAF automatiques font gagner un temps précieux.
Indy a été conçu dès le départ pour les travailleurs indépendants français. Ce qui le distingue vraiment :
Les déclarations URSSAF automatiques. Indy calcule vos cotisations à partir de votre chiffre d'affaires réel et prépare votre déclaration. Vous n'avez plus qu'à valider et payer. C'est la fonctionnalité la plus précieuse pour un auto-entrepreneur.
La synchronisation bancaire détecte automatiquement vos encaissements professionnels. La version gratuite est limitée à 5 clients, mais c'est amplement suffisant pour démarrer.
Prix : Gratuit jusqu'à 5 clients, puis 20€/mois pour l'offre complète.
2. Freebe — Spécialiste de la micro-entreprise
Freebe
auto-entrepreneur
À partir de
9€
Cible
auto-entrepreneur
Essai gratuit
Non
Freebe est taillé sur mesure pour les auto-entrepreneurs, avec des déclarations URSSAF intégrées. Idéal pour démarrer, mais ses limites comptables se feront sentir si vous changez de régime.
Freebe a une approche différente d'Indy : il est entièrement pensé pour les micro-entreprises et n'essaie pas d'être autre chose. Son parcours onboarding guide parfaitement les débutants.
Les déclarations URSSAF sont intégrées, les factures sont conformes à la loi, et l'application mobile est excellente. En revanche, Freebe est plus limité sur la partie gestion (pas de rapprochement bancaire automatique, pas de TVA).
Pour qui : Idéal pour les auto-entrepreneurs qui veulent un outil ultra-simple, même sans connaissances comptables.
3. Abby — Le plus simple pour débuter
Abby
auto-entrepreneur
À partir de
Gratuit
Cible
auto-entrepreneur
Essai gratuit
Oui
Abby est l'outil le plus accessible pour les auto-entrepreneurs qui démarrent. Sa simplicité est sa force, mais ses limites apparaîtront rapidement dès que l'activité se développe.
Abby est probablement le logiciel le plus accessible du marché. Son interface est épurée, son onboarding est guidé pas à pas, et la version gratuite (jusqu'à 5 factures/mois) permet de tester sans engagement.
Les déclarations URSSAF sont incluses, mais les fonctionnalités comptables s'arrêtent là. Pas de TVA, pas de rapprochement bancaire. Parfait pour démarrer, insuffisant si votre activité se développe.
Pour qui : Les auto-entrepreneurs qui démarrent et veulent la solution la plus simple possible.
4. Tiime Factures — Le meilleur pour la facturation pure
Tiime
auto-entrepreneur · TPE
À partir de
Gratuit
Cible
auto-entrepreneur
Essai gratuit
Oui
Tiime brille par sa gratuité et sa facilité d'utilisation pour la facturation. Le parfait outil d'entrée de gamme, mais incomplet pour une vraie comptabilité.
Tiime Factures est la solution idéale si votre priorité est la facturation. 100% gratuit, sans limite de factures, conforme anti-fraude TVA. L'application mobile est excellente.
Son point faible : il n'intègre pas les déclarations URSSAF. Pour un auto-entrepreneur actif, ce sera un manque.
Pour qui : Les auto-entrepreneurs qui veulent une facturation professionnelle gratuite et complèteront ailleurs pour l'URSSAF.
5. Henrri — Facturation 100% gratuite
Henrri
auto-entrepreneur · TPE
À partir de
Gratuit
Cible
auto-entrepreneur
Essai gratuit
Oui
Henrri est la meilleure option 100% gratuite pour la facturation en France. Conforme anti-fraude TVA, mais sans application mobile ni comptabilité avancée. Idéal comme point de départ.
Henrri propose une facturation illimitée, gratuite, conforme anti-fraude TVA. C'est l'outil de référence pour ceux qui cherchent le zéro euro sans compromis sur la conformité.
Pas d'application mobile, pas de rapprochement bancaire, pas de déclarations URSSAF. Mais pour une utilisation purement facturation, difficile de faire mieux.
Comparaison des fonctionnalités clés
| Logiciel | Prix | URSSAF | Synchro bancaire | FEC | Mobile |
|---|---|---|---|---|---|
| Indy | Gratuit → 20€ | ✅ | ✅ | ✅ | ✅ |
| Freebe | 9€ → 19€ | ✅ | ❌ | ❌ | ✅ |
| Abby | Gratuit → 15€ | ✅ | ❌ | ❌ | ✅ |
| Tiime | Gratuit → 22€ | ❌ | ✅ | ✅ | ✅ |
| Henrri | Gratuit | ❌ | ❌ | ❌ | ❌ |
Obligations légales des auto-entrepreneurs
En tant que micro-entrepreneur, vous devez :
- Émettre des factures conformes à la loi anti-fraude TVA 2018 (numérotation chronologique, mentions obligatoires)
- Tenir un livre des recettes chronologique
- Déclarer votre CA à l'URSSAF mensuellement ou trimestriellement
- Conserver vos justificatifs 10 ans
Si vous dépassez les seuils de la micro-entreprise (77 700€ pour les services en 2026), vous basculez automatiquement au régime réel et vos obligations comptables deviennent celles d'une TPE.
Verdict
Indy est notre recommandation sans réserve pour la majorité des auto-entrepreneurs. Gratuit jusqu'à 5 clients, déclarations URSSAF intégrées, synchronisation bancaire : c'est la solution la plus complète à ce prix.
Si vous avez moins de 5 factures par mois et un budget nul, commencez avec Abby ou Henrri et migrez vers Indy quand votre activité se développe.
FAQ
Un auto-entrepreneur doit-il vraiment utiliser un logiciel de comptabilité ? Non, c'est facultatif mais fortement conseillé. Un logiciel évite les erreurs de calcul URSSAF et les oublis de conformité. À partir de quelques clients, le temps gagné justifie largement l'abonnement.
Les logiciels gratuits pour auto-entrepreneurs sont-ils vraiment fiables ? Oui, Indy, Abby et Henrri sont des entreprises sérieuses, conformes à la réglementation française. La gratuité est possible car elles monétisent via des offres premium ou des services annexes.
Faut-il un comptable quand on est auto-entrepreneur ? Non, ce n'est pas obligatoire. La micro-entreprise est justement conçue pour une gestion en autonomie. Un logiciel adapté suffit dans la grande majorité des cas.
Que se passe-t-il si je dépasse les seuils de la micro-entreprise ? Vous passez au régime réel (BNC, BIC ou IS selon votre structure). Vos obligations comptables deviennent celles d'une TPE et vous aurez besoin d'un logiciel comme Pennylane ou QuickBooks, potentiellement avec un comptable.